Bom dia Reginaldo!
Se a empresa é ME (Microempresa) e faturou acima dos R$ 360 mil no acumulado de janeiro a abril, já ultrapassou o limite permitido pra continuar como ME. Nesse caso, o certo é fazer o desenquadramento e passar a ser EPP (Empresa de Pequeno Porte). Esse processo não é automático, então alguém da empresa (ou o contador) precisa acessar o portal da Junta Comercial ou do Redesim e fazer esse ajuste. O ideal é fazer isso até o fim do mês seguinte ao estouro do limite — ou seja, se passou em abril, desenquadra em maio.
O porte da empresa (ME ou EPP) não muda o regime tributário, ou seja, continua no Lucro Presumido normalmente. O que muda mesmo é o enquadramento jurídico da empresa, que pode influenciar em licitações, limites de receita e outros benefícios. Vale lembrar que essa atualização é importante pra manter os dados da empresa regulares e em dia com os órgãos públicos.
Agora, se no ano que vem a empresa tiver um faturamento abaixo dos R$ 360 mil novamente, pode sim voltar a ser ME, desde que atenda os critérios. Só que, assim como o desenquadramento, esse reenquadramento também precisa ser solicitado — não acontece de forma automática. Então é só acompanhar o faturamento anual e fazer os ajustes quando necessário.